Kolonoskopija predstavlja „zlatni standard“ u dijagnostici. Radi se u uslovima kratkotrajne anestezije, a o tome odlučuje pacijent uz saglasnost anesteziologa. Pregled je vrlo precizan i omogućava otkrivanje i blagovremenu dijagnostiku patoloških promjena debelog crijeva.

Pregled se obavlja savitljivim aparatom poput tanke cijevi debljine kažiprsta sa svjetlom i kamerom na vrhu. Uvodi se kroz analni otvor u debelo crijevo. Kolonskopija se obavlja  kod svake relativno naglo nastale promjene ritma pražnjenja crijeva, pojave razdoblja zatvora koji prouzrokuju neobjašnjivu bol u stomaku, pojavu krvi u stolici ili nakon stolice. Pregled omogućava ljekaru da vidi i najmanje promjene na sluznici crijeva, te da istovremeno uzima materijal za patohistološku analizu ili da odmah odstrani polipe. Kolonoskopija zahtjeva prethodnu pripremu koja se najčešće sprovodi na dan pred pregled a sastoji se u korišćenju određenih lijekova koji omogućavaju čišćenje crijeva i sprovođenje dijete. Crijeva moraju biti u potpunosti prazna prije pregleda, pregled se izvodi na lijevom boku a kolonskop (tanak, savitljivi instrument koji na vrhu ima kameru sa uvećanjem) plasira se kroz anus, rektum i debelo crijevo, sve do spoja sa tankim crijevom. Pregled može biti bolan i javlja se osjećaj nadutosti ali ne traje duže od pola sata.